公司侵害股东权益纠纷怎么处理？

1、反对股东的股份收买请求权制度

反对股东的股份收买请求权是指对于股东利益有重大关系的特定事项，在股东会的多数决议成立的情况下，持反对意见的股东可以请求公司以公平合理的价格收买自己所持有的股份，在公司拒绝回购时，法院可以根据股东的申请，强制公司收购该股东的股份。

根据资本多数决原则，在股东会议上，持有公司多数资本的大股东可以通过行使多数表决权，强行实施支配公司资本计划决议。而这个决议可能会损害小股东的利益，肯定有些股东对决议持有不同的意见，如果这个决议没有明显的违反公司章程或者依照商业判断的基本原则，对公司来说有时必需的，那么法院就会难以对此进行否决。而该决议的执行肯定会对持不同意见的股东产生不公。那么，在这种前提之下，赋予持异议股东的股份收买请求权，则可以使其能够免于权利遭受侵害，而切实保护了异议股东自身的投资权益。

2、对有瑕疵股东会决议的诉讼制度

股东会是公司的权力机构，可就公司的重大事项做出决议，股东应当按照法定的召集程序召开股东会，并依法定的表决方法通过决议。但是，在实践中，有时会发生实际控制公司经营的大股东基于某种非法的或者个人的目的，不将公司的重大决议事项提交股东大会进行讨论，或召开股东会时不通知其他小股东参加的情况。在股东会通过决议的程序或决议的内容违反法律、行政法规或者公司章程的规定，侵害了公司或其他股东的合法权益时，该决议即为有瑕疵的股东会决议。对此，法律有必要作出规定，赋予受到大股东侵害的受害小股东一定的司法救济途径，对公司股东会做出的有瑕疵的决议有权提起诉讼，申请法院判决撤消该决议，判定该决议无效和权利受损的赔偿诉讼请求权之诉。使大股东这种违规或者违法行为受到遏制和被诉，以维护受害小股东的权益。

3、股东派生诉讼制度

当公司利益受到控制股东，母公司，董事监事，管理人员等行为人的侵害行为直接侵害危害到公司利益并最终使小股东的权益受到损害时，由于这些人对公司意志的形成具有很大的影响力，把持公司机关多数股东即为公司利益侵害行为人。因此，要形成起诉他们的公司意志很困难，在公司法中，赋予股东自己委托自己对那些侵害公司利益的人的侵害行为进行诉讼，以维护公司利益，进而间接保障自己的利益，这种股东派生诉讼制度则能够有效克服侵害公司利益和小股东权益的行为的发生。以及把持公司机关导致公司机关不能提起诉讼的程序性障碍，以一种程序保障机制给予公司小股东通过司法途径保护自己的利益的机会。